大学生の透は、祖父の家で一冊の古い図鑑を見つける。そこに書かれていたのは、意味の分からない文字と、ページの隅に描かれた奇妙な生きものたち。

ある日、一つのページが突然光り、古い言葉で謎めいた手がかりが浮かび上がる。その言葉を頼りに外へ出た透は、何もない場所で突然つまずく。足元にあったのは一つの小石。そして、その小石を生み出したのは、お腹の袋から物を取り出す不思議なカンガルーのような生きものだった。

その名は「カクレモン」。

なぜ彼らは人間から隠れているのか？　この図鑑は誰が何のために作ったのか？　そして、図鑑を完成させた先に待つものとは――。

歴史と謎解きが好きな大学生・透の、不思議な生きもの探しの物語が始まる。